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聚类热图
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本工具用于展示差异特征的分布特征,基于样本间数据矩阵,同时对样本和特征进行层级聚类,通过颜色梯度表征丰度高低,直观呈现样本分组模式以及差异特征的数据变化规律。
火山图
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本工具用于绘制火山图(Volcano Plot),是一类用来展示组间差异数据的图像,可以方便直观的展示两组样本间差异表达基因/蛋白/代谢物的分布情况。
GO-KEGG气泡图
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本工具用于绘制气泡图,展示富集分析结果中P值最小的前N个功能或通路,通过气泡图生动呈现富集分析中的各个关键统计量,包括差异基因比值、差异基因数量及富集pValue值等。
Venn图
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本工具又常称为韦恩图或文氏图,用于展示多组差异基因之间的集合关系,通过图形重叠区域反映不同比较组共有与特有的差异基因数量,直观呈现各组差异基因的重叠与特异性分布特征。
富集分析
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本工具基于差异基因或目标基因集合,对 GO、KEGG 等功能数据库进行超几何分布检验,筛选显著富集的基因本体条目及代谢通路,将差异基因映射到生物学功能层面,挖掘差异基因集中显著受调控的生物学过程与信号通路。
PCA分析
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主成分分析(Principal Component Analysis,PCA),是对原有的复杂数据进行降维,保持数据集中对方差贡献最大的特征,去除噪音和冗余。
物种累计柱状图
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本工具为绘制累计柱状图,柱状图是一种以矩形的长度(高度)为变量的统计图表,只包含一个变量,从形式上又可以划分为累计柱状图和躲避式柱状图等不同类型。如果提供了样本分组信息,还可以通过组内求平均的方式展现每个分组的物种比例。
转录GSEA分析
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本工具用于进行基因集富集分析(GSEA),确定一组预先定义的基因在两种生物状态之间是否显示出统计上显著的差异。其分为三个步骤,分别为计算富集分数、估计富集分数显著性水平和矫正多重假设验证。支持GO、KEGG基因集合数据库及自定义基因集合。
LEfSe分析
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本工具用于LEfSe(Linear discriminant analysis Effect Size)分析,可发现并解释高维数据中的生物标志物,支持两组或多组比较,强调统计显著性与生物学相关性。
PCoA主坐标分析
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本工具用于PCoA(主坐标分析)。该方法基于距离矩阵的特征值和特征向量进行排序,可在不改变样品点相对位置关系的前提下观察个体或群体间的相似性与差异性。
差异分析
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本工具用于差异分析,支持R中的DESeq、DESeq2、edgeR、limma、DEGseq包以及t-test对各样本counts数目进行标准化处理,计算差异倍数并进行差异显著性检验。
GO富集条形图
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本工具为绘制GO富集通路条形图。Gene Ontology(GO) 数据库提供了专业的术语来定义基因产物的属性。它包含三大类:生物学过程(Biological Process, BP)表示一个分子活动事件的过程,包括细胞、组织、器官和物种的功能集合,往往也是和实验研究问题关联程度最高的一类;细胞组分(Cellular Component, CC)表示细胞或其所处的外界环境;分子功能(Molecular Function, MF)是描述在分子水平上基因产物的活性元件。