文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为绘制累计柱状图,柱状图是一种以矩形的长度(高度)为变量的统计图表,只包含一个变量,从形式上又可以划分为累计柱状图和躲避式柱状图等不同类型。
我们以物种在样本中所占的比例作为变量,横坐标为样本,以累计柱状图的方式展现每个样本中各物种的比例。如果提供了样本分组信息,还可以通过组内求平均的方式展现每个分组的物种比例。
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程序运行出错,报错信息如下:
1. 物种相对丰度文件
第一列为物种名,随后为样本分析名,各列对应值为物种在样本中的相对丰度(支持txt、xls、xlsx格式)。注意:这里如果样本名称替换为分组名称,则不需要再上传样本分组信息文件(注意列名Taxonomy的首字母大写)。
demo数据下载:others_Top15_genus.xlsx
2. 样本分组信息文件(非必须,需要以组别展示时需要此文件,否则以样本展示)
第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称。如果需要进行样本分组分析,则需要填此参数;如果无需进行样本分组分析,则无需填此参数(支持txt、xls、xlsx格式,注意列名的首字母大写)。
demo数据下载:mapping.xlsx
1. 结果示意图
下图展示了不分组情况下所有样本内的物种比例情况。横坐标为样本分析名,纵坐标为不同物种在样本中所占的比例。不同物种用不同颜色区分,右侧为物种的注释信息。
该图展示了添加分组情况下组内特征不合并时所有样本内的物种比例情况。横坐标为样本分析名,纵坐标为不同物种在样本中所占的比例,灰色模块内为分组名称。不同物种用不同颜色区分,右侧为物种的注释信息。
可选配色参考
欧易配色和欧易配色2分别来自宏基因组和16S分析报告文件的配色方案。
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v1.1 | 2020.10.25 | 更新说明文档 |
v2.7 | 2021.04.23 | 删除Rplots.pdf |
v2.8 | 2021.05.12 | 修改纵坐标刻度 |
v3.6 | 2021.06.29 | debug 下标出界问题,check mapping.txt 与输入文件样本分析名的一致性,去除type参数 |
v4.0 | 2022.03.02 | 增加坐标轴字体大小调整 |
v4.0.2 | 2022.07.15 | 新增柱宽,画布高度,画布宽度,配色方案调整参数 |
v4.0.12 | 2023.02.11 | 增加微生物16s配色 |
v4.0.13 | 2023.03.14 | 新增分组柱状图的组内样本不合并类型图片 |
v4.0.14 | 2023.03.16 | 标题bug修复 |
v4.0.18 | 2023.03.29 | 颜色,图例问题修复 |
v4.0.19 | 2023.04.07 | 颜色空白问题修复 |
v4.0.20 | 2023.04.10 | 组内不合并分面宽度自动调整 |
v4.0.21 | 2023.04.12 | 开放调节图例字体大小 |
v4.0.22 | 2023.04.27 | 分组不合并图片组的顺序调整原始顺序,开放x、y轴标题可自定义 |
v4.0.23 | 2023.05.15 | 邮件报错,日期型数据 |