物种累计柱状图

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为绘制累计柱状图,柱状图是一种以矩形的长度(高度)为变量的统计图表,只包含一个变量,从形式上又可以划分为累计柱状图和躲避式柱状图等不同类型。

我们以物种在样本中所占的比例作为变量,横坐标为样本,以累计柱状图的方式展现每个样本中各物种的比例。如果提供了样本分组信息,还可以通过组内求平均的方式展现每个分组的物种比例。

参数调整

样本物种相对丰度文件,列为样本名,行为物种名,值为相对丰度。作图文件例如微生物多样性报告result\3.Community_Structure\abundance\relative_abundance\*.xls,宏基因组报告:result\4.Taxonomy\4.3.barplot\*.xls或者result\4.Taxonomy\relative_abundance\*.xls
以组别展示时,需要导入此文件。样本分组信息文件,第一列为样本分析名,与样本物种相对丰度文件中的样本分析名一致,第二列为分组名
取丰度前多少进行展示,可选10、20、30,默认前10,其余归为Others
是否对展示数据进行归一化处理,默认不进行归一化处理
字体类型,默认“Arial”
字体样式,默认"无"
可调整柱宽,调整范围为0-1,默认为0.9
可调整输出图片(画布)高度,默认为6。
可调整输出图片(画布)宽度,默认为自适应。
配色方案选择
用于结果的自定义标记
提交 重置

结果与说明

任务正在排队中,目前后台全部排队数量:

当前任务运行预计需要耗时

程序正在运行中,预计需要耗时

{{ m.content }}

程序运行出错,报错信息如下:

1. 物种相对丰度文件

    第一列为物种名,随后为样本分析名,各列对应值为物种在样本中的相对丰度(支持txt、xls、xlsx格式)。注意:这里如果样本名称替换为分组名称,则不需要再上传样本分组信息文件(注意列名Taxonomy首字母大写


Top15_genus.png

    demo数据下载others_Top15_genus.xls


2. 样本分组信息文件(非必须,需要以组别展示时需要此文件,否则以样本展示)

    第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称。如果需要进行样本分组分析,则需要填此参数;如果无需进行样本分组分析,则无需填此参数(支持txt、xls、xlsx格式,注意列名的首字母大写


分组.png


    demo数据下载mapping.xls





1. 结果示意图

    该图展示了不分组情况下所有样本内的物种比例情况。横坐标为样本分析名,纵坐标为不同物种在样本中所占的比例。不同物种用不同颜色区分,右侧为物种的注释信息。


allsamples_barplot.png


  1. 可选配色参考

  2. 欧易配色和欧易配色2分别来自宏基因组和16S分析报告文件的配色方案。

  3. 颜色参考1.png

  4. 颜色参考2.png

  5. 颜色参考3.png



版本
更新日期更新内容
v1.1
2020.10.25
更新说明文档
v2.7
2021.04.23
删除Rplots.pdf
v2.8
2021.05.12
修改纵坐标刻度
v3.6
2021.06.29
debug 下标出界问题,check mapping.txt 与输入文件样本分析名的一致性,去除type参数
v4.02022.3.2增加坐标轴字体大小调整
v4.0.2
2022.07.15
新增柱宽,画布高度,画布宽度,配色方案调整参数