火山图(Volcano Plot)是一类用来展示组间差异数据的图像,可以方便直观的展示两组样本间差异表达基因/蛋白/代谢物的分布情况。
1. 差异表达未筛选文件
示例文件为基因表达量差异未筛选文件,第一列:Names(基因/探针名称),第二列:log2FoldChange,第三列:pValue ;代谢组数据第四列可添加 VIP 。
【测序数据整理格式】
demo数据下载:sequencing_volcano.xls
【芯片组数据整理格式】
demo数据下载:array_volcano_all_data.xls
【代谢/蛋白组数据整理格式】
demo数据下载:metabolite_volcano.xls
2. 文本框输入标记基因(可选)
需包含列名 "IDs"。
demo数据下载:genelist_one.xls
3. 芯片组差异文件(对芯片数据绘图时必选)和标记基因列表
示例文件为芯片差异结果列表,需包含列名 "ProbeID"。
【芯片组差异文件格式】
demo数据下载:array_volcano_deg_data.xls
【芯片组标记基因列表格式】
demo数据下载:genelist_two.xls
1. 输出图片
示例图片中每一个点代表一个基因。横纵坐标分别表示实验组(Case)和对照组(Control)生物学重复差异倍数FC值的对数值。根据基因表达差异倍数FC值的筛选,红色表示显著上调基因,绿色表示显著下调基因,灰色表示差异不显著。
示例图片为标注名称,以黑色点展示。
(1) 尽量新建全新的excel文件进行数据筛选,不在源文件操作;
(2) 标注特征为30个以内;当大于30个特征时则以紫色点标注;
(3) 当输入文件数据中 log2FoldChange 为空值时,将自动以最小值进行替换,请谨慎修改文件数据;
添加字体参数, 判断编码方式, 修改log2FC数据类型报错的bug