火山图

开发者：fmt, czq, ljw  |  更新于3 周，4 日前  |  浏览量 3070

火山图（Volcano Plot）是一类用来展示组间差异数据的图像，可以方便直观的展示两组样本间差异表达基因/蛋白/代谢物的分布情况。

参数信息
  1. 差异未筛选文件，请参考示例文件

查看更多非必选参数

  1. P-Value值是指在一个概率模型中, 统计摘要（如两组样本均值差）与实际观测数据相同, 或甚至更大这一事件发生的概率。 换言之, 是检验假设零假设成立或表现更严重的可能性。p值若与选定显著性水平（0.05或0.01）相比更小, 则零假设会被否定而不可接受。
  2. FC(Fold Change)是计算基因/蛋白/代谢物在两类样本中平均表达水平的倍数值, 若该值达到预先设定的阈值(一般设置为2, 在以2为底的对数表达比中为大于1或小于-1), 则判定基因/蛋白/代谢物为差异表达。
  5. 代谢组数据过滤条件，默认为0，不进行VIP筛选及可视化，可修改
  6. 标记名称列表
  7. 芯片差异基因文件，需包含列名 "ProbeID"，用于过滤低质量探针。
  8. 标记名称列表（芯片）
    字体类型，默认"Arial"
    字体样式，默认"无"
  11. 点大小，取值范围在1-3之间
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本说明

    1. 1. 差异表达未筛选文件

        示例文件为基因表达量差异未筛选文件，第一列：Names(基因/探针名称)，第二列：log2FoldChange，第三列：pValue ；代谢组数据第四列可添加 VIP 。

    【测序数据整理格式】

    all_data.png


        demo数据下载：sequencing_volcano.xls


    【芯片组数据整理格式】

    all_prob.png


        demo数据下载：array_volcano_all_data.xls


    【代谢/蛋白组数据整理格式】

    metadata.png


        demo数据下载：metabolite_volcano.xls


    1. 2. 文本框输入标记基因（可选）

        需包含列名 "IDs"。

    genelist.png


        demo数据下载：genelist_one.xls


    1. 3. 芯片组差异文件（对芯片数据绘图时必选）和标记基因列表

        示例文件为芯片差异结果列表，需包含列名 "ProbeID"。

    【芯片组差异文件格式】

    deg_prob.png


        demo数据下载：array_volcano_deg_data.xls


    【芯片组标记基因列表格式】

    prob_genelist.png


        demo数据下载：genelist_two.xls


    1. 1. 输出图片

        示例图片中每一个点代表一个基因。横纵坐标分别表示实验组（Case）和对照组（Control）生物学重复差异倍数FC值的对数值。根据基因表达差异倍数FC值的筛选，红色表示显著上调基因，绿色表示显著下调基因，灰色表示差异不显著。

    volcano.png


        示例图片为标注名称，以黑色点展示。

    volcano-withgene.png

    1. (1) 尽量新建全新的excel文件进行数据筛选，不在源文件操作；

    2. (2) 标注特征为30个以内；当大于30个特征时则以紫色点标注；

    3. (3) 当输入文件数据中 log2FoldChange 为空值时，将自动以最小值进行替换，请谨慎修改文件数据；

  • 版本
    		更新日期更新内容
    v1.82020.09.18整合多平台火山图工具
    v2.1.22020.11.04修改默认输出图片格式；添加标注特征是否存在相关判断，删除未知特征并输出warning文件
    v2.1.42020.12.11

    添加字体参数, 判断编码方式, 修改log2FC数据类型报错的bug

    v2.1.5
    		2020.12.26
    		判断编码方式优化, 空数据矩阵检查, 添加展示基因数目参数默认为30
    v2.3.02021.01.22报错日志oeweb_task.log;修改数据检查逻辑
    v2.4.02021.02.01增加点大小参数