GO-KEGG气泡图

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为绘制气泡图，用于展示富集分析结果中P值最小的前N个功能或者通路。通过气泡图，可以生动地展示富集分析结果中的各个关键统计量，从而在一张图上呈现更多的信息。
其中Y轴对应功能或者通路，X轴表示特定通路中的差异基因和通路中所有基因的比值，气泡的大小表示该通路中差异基因的多少，气泡颜色由紫-蓝-绿-红变化，其富集 pValue 值越小，显著程度越大。

参数调整

富集分析的输出结果文件
对富集分析结果中的前N行结果进行绘图，默认为前20行。
Y轴上条目的字体大小，若功能或者通路的名称字符较多的时候，可以将字体调小。
对结果进行命名用于区分不同的任务，默认为当前工具名称_当前日期时间
Y轴上条目的字体风格设置，可为斜体
y轴上条目的名称长过50，会对50以后的以省略号显示
设置图片title
用于取top时排序的的列名，输入表格必须有该列
选择气泡配色方案，默认为红黄蓝配色。
设置气泡图主标题字体大小，默认为12
设置气泡图x轴标题字体大小，默认为10
设置气泡图图例标题字体大小，默认为10
设置图例内容字体大小（色带除外），默认为9
设置气泡最小直径（参考输入文件中的ListHit值），默认为上传文件中最小ListHit值
设置气泡最大直径（参考输入文件中的ListHit值），默认为上传文件中最大ListHit值
设置气泡图例的标签
y轴在描述后添加TermID
当输入文件中有Category时，是否绘制分面图
设置x轴与色带刻度字体大小，默认为10
可自定义最小值，但图上展示的最终数值将会基于等分重新计算，接近于设置最小值。默认自适应
可自定义最大值，但图上展示的最终数值将会基于等分重新计算，接近于设置最大值。默认自适应
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结果与说明

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程序运行出错，报错信息如下：

玩转攻略可点击公众号推文：探“云”指南 | 欧易云GO/KEGG气泡图制作秘籍


1. 输入数据

    输入表格需包含中"Term_description"、"ListHit"、"FoldEnrichment"（或"Enrichment_score"）和"p-value"列。

    若y轴添加TermID为‘是’，必须存在"Term_ID"列。可添加‘Category’列，对Term进行分类展示（例如：GO中的BP，CC，MF）。可添加‘Group’列, 绘制分组气泡图。

   （注意各列名及分类名称的首字母的大小写）

图片1.png

   

    demo数据下载：demo_bubble_data.xlsx    

    demo数据（带Group与Catergory列）下载：cat_starts_go_multi_group.xlsx


注：若有term名重复，将会按用户选择的列排序后去重。推荐使用芯片报告中富集结果原文件，或对原文件中GO或KEGG条目进行删减（挑选）后的文件。若列名与示例不一致，请修改后提交（如：pValue改为p-value）。

   

    项目报告中参考表格名称：

    芯片报告：*富集分析/*_GO_enrichment_result.csv  或   *富集分析/*_KEGG_enrichment_result.csv

    转录组报告：GO_enrichment/enrichment-go*.xls 或  KEGG_enrichment/enrichment-kegg*.xls

1. 气泡图

    示例图中Y轴对应功能或者通路的名称；X轴对应特定通路中差异基因与该通路所包含的所有基因的比值，值越大，说明该通路的差异基因占比越高；气泡图上的点表示差异基因的多少，点越大，特定通路中的差异基因越多。

demo_bubble_data (5)_bubble.png

若输入文件中添加了Category列：

cat_starts_go_multi_bubble (5).png

若输入文件中添加了Group列与Category列：

cat_starts_go_multi_group_bubble (2).png

若输入文件中若输入文件中添加了Group列与Category列，且选择了‘是否绘制分面图’为'是'：

cat_starts_go_multi_group_bubble0511.png

  1. (1) 推荐使用芯片报告中富集结果原文件，或对原文件中GO或KEGG条目进行删减（挑选）后的文件；

  2. (2) 外来数据格式不兼容时，请使用本工具前，按照输入示例文件格式对数据进行修改；
版本更新日期更新内容
v1.12020.10.12取消term id显示
v1.22020.10.27添加斜体，添加使用默认顺序
v1.32021.06.24修改P_value为p-value
v1.42022.01.26新增调整图片字体大小，气泡配色方案，气泡直径等功能
v1.52022.03.01问题修复，画布主题调整。
v1.62022.04.19问题修复，横坐标计算优化。
v1.2.12023.02.07新增分组气泡图与分面图
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