GO/KEGG气泡图

开发者:czq, fmt  |  更新于1 月,1 周前  |  浏览量 2705

本工具为绘制气泡图,用于展示富集分析结果中P值最小的前N个功能或者通路。通过气泡图,可以生动地展示富集分析结果中的各个关键统计量,从而在一张图上呈现更多的信息。
其中Y轴对应功能或者通路,X轴表示特定通路中的差异基因和通路中所有基因的比值,气泡的大小表示该通路中差异基因的多少,气泡颜色由紫-蓝-绿-红变化,其富集 pValue 值越小,显著程度越大。

参数信息
  1. 富集分析的输出结果文件
  2. 对富集分析结果中的前N行结果进行绘图,默认为前20行。

查看更多非必选参数

  1. Y轴上条目的字体大小,若功能或者通路的名称字符较多的时候,可以将字体调小。
    Y轴上条目的字体风格设置,可为斜体
    y轴上条目的名称长过50,会对50以后的以省略号显示
  2. 设置图片title
  3. 用于取top时排序的的列名,输入表格必须有该列
    y轴在描述后添加TermID
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本说明
    1. 1. 输入数据

        输入表格需包含中"Term_description""ListHit""Enrichment_score""P_value"列。


    bubble_input.png


        注:推荐使用芯片报告中富集结果原文件,或对原文件中GO或KEGG条目进行删减(挑选)后的文件


        demo数据下载demo_bubble_data.xlsx


    1. 1. 气泡图

        示例图中Y轴对应功能或者通路的名称;X轴对应特定通路中差异基因与该通路所包含的所有基因的比值,值越大,说明该通路的差异基因占比越高;气泡图上的点表示差异基因的多少,点越大,特定通路中的差异基因越多。


    bubble_demo.png

        

    1. (1) 推荐使用芯片报告中富集结果原文件,或对原文件中GO或KEGG条目进行删减(挑选)后的文件;

    2. (2) 外来数据格式不兼容时,请使用本工具前,按照输入示例文件格式对数据进行修改;

  • 版本更新日期更新内容
    v1.12020.10.12取消term id显示
    v1.22020.10.27添加斜体,添加使用默认顺序