靶标预测

开发者:xtsheng  |  更新于1 月,1 周前  |  浏览量 153

本工具使用miranda软件预测靶标关系。

参数信息
  1. 上传miRNA序列
  2. 序列条数不能超过100,总长度不能超过10W

查看更多非必选参数

  1. 通常选择-10到-30,数值越小越严格
  2. 通常选择140/150,数值越大越严格
    miRNA种子区域是否需要严格匹配
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本信息
    1. 1. miRNA序列示例文件



    miRNA_fa.png


    1. 2. 靶向RNA(mRNA)序列示例文件


    targetRNA_fa.png

        

        demo文件压缩包下载:示例序列文件.zip


    1. 1. "mirna_target_raw.txt"

        靶标的详细信息,包括结合位点示意、结合分数、结合自由能等。


    1. 2. "mirna_target_Result.csv"

        靶标结合表格结果表头解释

    表头
    解释
    miRNAmiRNA的ID
    Target靶RNA的ID
    Total Score总的结合分数
    Total Energy总的自由能
    Max Score最大结合分数
    Max Energy最大自由能
    miRNA LengthmiRNA的长度
    Target Length靶RNA的长度
    PositionsmiRNA在靶RNA上的结合位点


    1. (1) 本工具程序接收miRNA,靶向mRNA(mRNA/lncRNA/circRNA)的fa格式序列文件;


  • 版本
    使用说明版本信息
    v1.1
    2020.10.25
    更新说明文档