微生物和代谢物相关性

开发者:oebiotech  |  更新于3 周,6 日前  |  浏览量 478

根据样本一一对应关系对,计算微生物(OTU/门/纲/目/科/属/种)的相对丰度,与对应代谢物的响应强度数据之间的关联性。相关性算法可选用的有pearson相关性、spearman相关性、kendall相关性。如果不指定,默认使用spearman相关性计算方法。

参数信息
  1. 组学间样本及分组名称,请参考使用说明
  2. 代谢物表达量矩阵文件,请参考使用说明

查看更多非必选参数

  1. 如 phylum.T_test.diff.heatmap.xls
  2. 如 class.T_test.diff.heatmap.xls
  3. 如 order.T_test.diff.heatmap.xls
  4. 如 family.T_test.diff.heatmap.xls
  5. 属水平相对丰度矩阵,请参考使用说明
  6. 如 species.T_test.diff.heatmap.xls
  7. 如 otu.T_test.diff.heatmap.xls
    默认使用 spearman
  8. 自定义需要绘图的代谢物/物种数量,默认top20,可修改
  9. 按 pValue 筛选关系对绘制网络图,如 (小于等于) 0.05
  10. 按 qvalue 筛选关系对绘制网络图,如 (小于等于) 0.1
    默认过滤掉自身数据
  11. 请与画布宽度同时使用,可修改
  12. 请与画布高度同时使用,可修改
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 版本说明
  • 输入文件格式支持xlsx、csv、txtxls,文件名不允许有空格和特殊字符,外来数据请先调整数据格式。


    1. 样本对应关系及分组信息文件(必选):

        示例文件为必填参数,需包含列名 "Microbiome", "Other_omics", "Group"。

        第一列为微生物样本名称(即物种表达矩阵表头),第二列为代谢组样本名称(即代谢物表达矩阵表头),第三列为样本分组信息。


    配置文件.png

        分组文件示例文件下载:samplelist.xls



    2. 代谢组表达量矩阵文件(必选):

        示例文件为必填参数,第一列为代谢物名称,其余各列为各样品中相应表达量。


    代谢物表达矩阵.png

        代谢物表达矩阵文件示例文件下载:group2-vs-group1.xls


    3. 微生物物种表达量矩阵文件(可同时导入多个物种水平文件):

        示例文件为微生物属水平相对丰度矩阵,第一列为种属名称,其余各列为各样品中相应表达量。

    属水平相对丰度矩阵.png

        属水平相对丰度矩阵示例文件下载:genus.diff.heatmap.xls



  • 1. 输出

        示例数据为相关性分析结果。表格中,Category1 为 代谢物名称,Category2 为 物种分类,Correlation 为 相关性高低,Pvalue 为 相关的显著性,Significance 为 显著性高低,其中 *代表p小于0.05,**代表p小于0.01,AdjPvalue 为 矫正后的p值。

    correlation.png


        示例图为相关性矩阵图。图中,每行为不同的物种-代谢物,每列为对应的物种-代谢物,图中橘红色为正相关,蓝色为负相关,颜色越深相关性越大,圆圈大小代表相关性的大小,圆圈越大相关性越大。

    相关性矩阵.png


        示例图为相关性热图。图中,每行为不同的物种,每列为对应的代谢物,图中橘红色为正相关,蓝色为负相关,颜色越深相关性越大,颜色越接近白色代表相关性越接近零。图中的 ***代表相关性p value小于0.001,图中的 **代表相关性p value小于0.01,图中的 *代表相关性p value小于0.05(即相关的显著性)。

    相关性热图.png


        示例图为关联网络图。基于 spearman 相关性分析计算物种和代谢物数据间的关联性,选取 pvalue<=0.05 的关系对绘制的网络图。红色线代表正相关,绿色线代表负相关。线的粗细代表相关性系数的高低。

    网络互作.png

  • 版本
    更新日期更新内容
    v1.042020.09.05上新
    v1.052020.10.12修复相关性热图色系,top参数bug

    v1.062020.10.12删除png结果输出