微生物和代谢物相关性

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开发者：cty  |  更新于2 周，4 日前  |  浏览量 2216

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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根据样本一一对应关系对，计算微生物(OTU/门/纲/目/科/属/种)的相对丰度，与对应代谢物的响应强度数据之间的关联性。相关性算法可选用的有pearson相关性、spearman相关性、kendall相关性。如果不指定，默认使用spearman相关性计算方法。

参数信息
  1. 组学间样本及分组名称，请参考使用说明
  2. 代谢物表达量矩阵文件，请参考使用说明

查看更多非必选参数

  1. 如 phylum.T_test.diff.heatmap.xls
  2. 如 class.T_test.diff.heatmap.xls
  3. 如 order.T_test.diff.heatmap.xls
  4. 如 family.T_test.diff.heatmap.xls
  5. 属水平相对丰度矩阵，请参考使用说明
  6. 如 species.T_test.diff.heatmap.xls
  7. 如 otu.T_test.diff.heatmap.xls
    默认使用 spearman
  9. 自定义需要绘图的代谢物/物种数量，默认top20，即表达量之和的top20个特征，可修改
  10. 按 pValue 筛选关系对绘制网络图，如 (小于等于) 0.05
  11. 按 qvalue 筛选关系对绘制网络图，如 (小于等于) 0.1
  12. 请与画布宽度同时使用，可修改
  13. 请与画布高度同时使用，可修改
    字体类型，默认"Arial"
    字体样式，默认"无"
    聚类可展示出变量间的相关性系数相似度，默认聚类
    聚类可展示出变量间的相关性系数相似度，默认聚类
    默认行显示代谢物，列显示微生物
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 版本说明

  • 使用须知：本工具根据物种丰度和代谢物含量，最多选取top100的物种和代谢物进行绘图和分析，多于100的分析可选用小工具--共表达分析得到相关性数据

    1. 样本对应关系及分组信息文件（必选）

        示例文件为必填参数，需包含列名 "Microbiome", "Other_omics", "Group"。

        第一列为微生物样本名称（即物种表达矩阵表头），第二列为代谢组样本名称（即代谢物表达矩阵表头），第三列为样本分组信息。


    样本对应关系及分组信息文件.png


        demo数据下载：samplelist.xls


    2. 代谢组表达量矩阵文件（必选）

        示例文件为必填参数，第一列为代谢物名称，其余各列为各样品中相应表达量。


    代谢物表达矩阵.png


        demo数据下载：group2-vs-group1.xls


    3. 微生物物种表达量矩阵文件（可同时导入多个物种水平文件）

        示例文件为微生物属水平相对丰度矩阵，第一列为种属名称，其余各列为各样品中相应表达量。

    属水平相对丰度矩阵.png


        demo数据下载：genus.diff.heatmap.xls





  • 1. 输出

        示例数据为相关性分析结果。表格中，category1 为 代谢物名称，category2 为 物种分类，Correlation 为 相关性高低，p-value 为 相关的显著性，Significance 为 显著性高低，其中 *代表p小于0.05，**代表p小于0.01，AdjPvalue 为 矫正后的p值。

    correlation.png


        示例图为相关性矩阵图。图中，每行为不同的物种-代谢物，每列为对应的物种-代谢物，图中橘红色为正相关，蓝色为负相关，颜色越深相关性越大，圆圈大小代表相关性的大小，圆圈越大相关性越大。

    相关性矩阵.png


        示例图为相关性聚类热图。图中，每列为不同的物种，每行为对应的代谢物，图中橘红色为正相关，蓝色为负相关，颜色越深相关性越大，颜色越接近白色代表相关性越接近零。图中的 ***代表相关性p value小于0.001，图中的 **代表相关性p value小于0.01，图中的 *代表相关性p value小于0.05（即相关的显著性）。

    相关性聚类热图.png


        示例图为关联网络图。基于 spearman 相关性分析计算物种和代谢物数据间的关联性，选取 pvalue<=0.05 的关系对绘制的网络图。红色线代表正相关，绿色线代表负相关。线的粗细代表相关性系数的高低。

    网络互作.png



  • 版本
    		更新日期更新内容
    v1.042020.09.05上新
    v1.052020.10.12修复相关性热图色系，top参数bug
    v1.062020.10.12删除png结果输出
    v1.12021.03.07添加字体参数,修改R脚本传参形式
    v1.22021.06.04修复样本名不一致报错提示
    v1.32021.06.17修改相关性分析结果表头信息; 修改相关性热图样式,使用pheatmap进行行列聚类
    v1.42021.06.20corheatmap调整相关性热图高宽, 总脚本增加矩阵去重,检查空值,非数字型数据及解决行名重复问题
    v1.52021.7.31增加热图可选聚类或不聚类，热图是否进行行列转置



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