miranda绘图

开发者:suntongxin  |  更新于4 日,18 小时前  |  浏览量 62

基于miranda序列匹配画图:使用miRNA和靶基因序列进行结合位点绘制,更加直观的显示miRNA与靶基因的结合信息。
1、输入的数据格式必须为fasta格式;
2、仅适用于一对一的序列关系;
3、输出图片格式:png

参数信息
  1. miRNA fasta file
  2. target fasta file(lncRNA;circRNA;mRNA)

查看更多非必选参数

  1. miranda预测的energy(小于-10,自由能越小,准确性越高)
  2. miranda预测的Score(大于140,分值越大,准确性越高)
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 版本说明
  • 输入文件1和2皆为fasta格式:*.fa(或*.fasta)

        1、第一行以‘>’开头的序列id,为了进行区分,请保证两个输入文件的id的唯一性;

        2、第二行开始,是碱基序列。

    fasta示例.png

        demo数据下载circRNA.fa  miRNA.fa


  • 分析结果:

        1、结合位点图片;

        2、"mirna_target_raw.txt"和 "mirna_target_Result.csv"文件

        

    靶标的详细信息和结果文件

    结果图片示例:*.png


    结果图片示例.png


  • 版本更新日期
    更新内容
    v1.02020.11.19

    使用miranda结果文件进行绘图。

    v2.02021.02.22使用fasta序列进行绘图,暂时仅支持进行一对一绘图。