芯片差异分析

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开发者:stx  |  更新于1 月,3 周前  |  浏览量 278

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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Agilent芯片差异分析:对标准化数据进行差异分析。

参数信息
  1. 芯片报告中"1_数据QC及预处理/alldata.csv"
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本信息
  • 注:1. 目前仅支持对Agilent芯片的分析

           2. 目前不支持外来数据的分析


    1. 1.标准化数据表格

        选择芯片报告中"1_数据QC及预处理/alldata.csv"。


    Agilent_table.png

    标准化数据表格示例图

       

        demo数据下载:demo_alldata.xlsx


    1. 2.样品分组表格

        第一列为样本名,第二列为样品分组。

        【注:输入的表头名需保持和下图相同】


    Agilent_group.png

    样品分组表格示例图

        

        demo数据下载demo_group.xlsx


    1. 3.差异分组表格

        根据样品分组表格中的分组名称,填入差异比较表格中。

        compid列:比较组名称

        case列:实验组组名

        control列:对照组名称

        【注:输入的表头名需保持和下图相同,anno列留空】


    Agilent_comp.png

    差异分组表格示例图

        

        demo数据下载demo_comp.xlsx



    1. 1. 分析结果包括:

    1.     (1)差异分析结果表格(lncRNA芯片分为circRNA,mRNA,ncRNA三个表格)

                    "comp1_Case_vs._Control_FC2.0P0.05.csv"

    1.     (2)火山图(有生物学重复)

                    "comp1_Case_vs._Control_FC2.0P0.05_volcanoplot.p*"

    1.     (3)散点图

                    "comp1_Case_vs._Control_FC2.0P0.05_scatterplot.p*"

    1.     (4)聚类图

                    "comp1_Case_vs._Control_FC2.0P0.05_cluster.p*"

    1.     (5)差异未筛选总表格

    2.                 "差异未筛选.csv.gz"


    1. (1) 本工具仅支持Agilent芯片的分析,可修改差异分析阈值、调整分组分析等;


    2. (2) 标准化数据表格请使用欧易出具的芯片报告中"1_数据QC及预处理/alldata.csv",无需进行修改;


    3. (3) 样品分组表格和差异分组表格中表头无需修改


  • 版本更新日期更新内容
    v1.1
    2020.10.25
    更新说明文档


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