文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为绘制ROC曲线。
根据特征数据丰度,如差异物种或生物标记物等,利用10折交叉验证,对每一折划分训练集及验证集,先对训练集构建随机森林模型,再用此模型预测验证集,构建ROC曲线,最后对10折进行平均处理得最终ROC曲线。
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程序运行出错,报错信息如下:
1. 物种丰度表文件
第一列为特征物种,表头为样品信息,其余为丰度信息。
支持xls,xlsx,txt,csv格式输入。
demo数据下载:genus.xls
2. 样本对应分组表文件
样品对应分组信息表,组数必须为2。第一列为样品名,第二列为样品对应的分组信息(注意列名的首字母大写)。
支持xls,xlsx,txt,csv格式输入。
demo数据下载:mapping.xls
1. ROC曲线结果示意图
给予特征数据丰度,基于随机森林模型,利用10折交叉验证构建ROC曲线。ROC曲线横坐标为假阳性率,纵坐标为真阳性率,蓝色曲线为10折后取的平均曲线,AUC为曲线下面积,阴影部分为上下1个标准差。
(1) 样品对应分组信息表,组数必须为2;
(2) 每组最少需50个样本;
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v1.1 | 2020.10.25 | 更新说明文档 |
v2.4 | 2021.04.02 | 输入文件格式支持xls,xlsx,txt,csv |