GO富集条形图

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
本工具为绘制GO富集条形图。
Gene Ontology(GO) 数据库提供了专业的术语来定义基因产物的属性。它包含三大类:生物学过程(Biological Process, BP)表示一个分子活动事件的过程,包括细胞、组织、器官和物种的功能集合,往往也是和实验研究问题关联程度最高的一类;细胞组分(Cellular Component, CC)表示细胞或其所处的外界环境;分子功能(Molecular Function, MF)是描述在分子水平上基因产物的活性元件。

参数调整

GO富集结果文件,如 enrichment-go-A-vs-B.xls
默认使用 p-value 绘图,可选 ListHits
基因上下调关系文件,如 A-vs-B-diff-gene.xls
展示各分类的top条目数,可修改
按差异基因数目(大于等于 ListHits)筛选 GO 条目,可修改
按 p-value 筛选 GO 条目,如 (小于等于) 0.05
图片高度,可调整 (默认 11)
图片宽度,可调整 (默认 9)
选择对通路名进行字符串截取,新版保留前45个字符,旧版保留前70个字符
通路基因上下调关系图中x轴刻度的角度,默认为60度。注意:角度过小可能使较长的通路名称超出画布
字体类型,默认"Arial"
字体样式,默认"无"
默认生成最新版本样式图片,如需旧版本请在下拉框中进行选择。注意:旧版图片长宽不支持调节
用于结果的自定义标记
提交 重置

结果与说明

任务正在排队中,目前后台全部排队数量:

当前任务运行预计需要耗时

程序正在运行中,预计需要耗时

{{ m.content }}

程序运行出错,报错信息如下:

1. 输入GO富集结果文件

    示例为OE常规转录组分析中GO富集结果,列信息需包含 "Term,Category,ListHits,p-value"。

    ListHits列:该GO条目中差异基因数

    Term列:该条目的描述

    Category列:GO分类,格式为"molecular_function","cellular_component","biological_process"

    p-value列:P值

   

    如需绘制差异基因上下调关系图列信息中还需包含 "Gene"。

    Gene列:该GO条目中的差异基因,用分号分隔


    (注意列名的首字母大小写

GO富集结果图片.png

demo数据下载:enrichment-go-A-vs-B.xls


2. 输入基因上下调关系文件

    示例为OE常规转录组分析中差异表达结果,列信息需包含 "gene_id,Regulation"。

    gene_id列:转录组分析的基因

    Regulation列基因的差异上下调关系

    (注意列名的首字母大小写

基因上下调关系图片.png

demo数据下载:A-vs-B-diff-gene.xls



1. GO富集条形图

    示例为OE常规转录组分析中GO富集条形图,筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 3 的 GO 条目,按照每个条目对应的 -log10p-value 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示。


GO.top(p).png


    示例为自定义GO富集条形图,筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 5 的 GO 条目,按照每个条目对应的 ListHits 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示,可对富集结果进行筛选。

GO.top(l).png


2. 通路基因上下调关系图

    示例为GO富集条形图中对应通路中差异基因的上下调关系图。

GO.top.Gene.Sum.png

  1. (1) 为防止条目名称字符太长,默认截取前45个字符(旧版前70个字符);

  2. (2) 请使用本工具前,按照输入示例文件格式对数据整理;

  3. (3) 若仅基因上下调关系文件存在数据、格式问题,或是GO条形图中的基因在基因上下调关系文件中完全没有对应,在不影响GO富集条形图生成情况下将不生成基因上下调关系图

版本更新日期更新内容
v1.42020.06.10修复输入格式问题

2020.10.30修改默认输出图片格式

2020.11.03添加长字符截取参数

2020.11.11修改数据处理函数

2020.12.11添加字体参数
v1.162020.12.26判断编码方式优化, 空数据矩阵检查

2021.01.21检查筛选结果矩阵是否为空

2021.02.01画布高宽限制
v1.282021.06.17修改工具样式及表头
v1.342022.09.19修改生成图片样式,保留旧样式可选
v1.39
2022.11.03添加差异表达上下调基因数图片,报错优化